はじめまして。
2.8へは手動でアップデートしていたのでバグには全く気づきませんでした。
頂いた情報を元に追記を記載いたしました。
情報ありがとうございました。

少し気になったのが、私自身未確認なのですが、自動アップデートする際サーバー上のファイルが削除される現象が報告されているそうです。

http://ja.wordpress.org/2009/06/13/attention-autoupgrade-28/